Nota Mental: Drupal, Debian, Apache 2 y mod rewrite
Si usas debian stable (o ubuntu) vas a tener que hacer algo parecido a esto para activar las clean urls en Drupal:
1) a2enmod rewrite
2) editar /etc/apache2/sites-enabled/000-default (o tu virtual host)
y cambiar la linea AllowOverride None por AllowOverride All.
3) etc/init.d/apache2 restart. (force-reload que dirían los puristas)